Seksyen ini bertanggungjawab merancang dan menyelaras program-program kualiti dan inovasi bagi semua makmal Jabatan untuk memenuhi keperluan standard ISO/IEC 17025 dan ISO 9001. Tugas utama adalah: 

Ø  Untuk mempastikan kualiti perkhidmatan analisis makmal adalah setaraf dengan makmal-makmal antarabangsa dengan meningkatkan kepakaran dan keupayaan dalam bidang jaminan kualiti makmal

Ø  Untuk memperkukuhkan pelaksanaan sistem-sistem kualiti ISO 9001 dan ISO/IEC 17025 di semua makmal Jabatan.   

Unit Kualiti Jabatan 

·         Menyelaras pelaksanaan sistem kualiti ISO 9001 dan ISO/IEC 17025 dalam Jabatan
·         Akreditasi kaedah analisis
·         Menyelaras audit luar
·         Audit dalaman
·         Mesyuarat Kajian Semula Pengurusan
·         Dokumentasi kualiti
·         Latihan/Seminar/Bengkel
·         Perundingan sistem kualiti  

Unit Inovasi Jabatan 
·         Menyelaras program-program inovasi
·         Pengukuran Prestasi (KPI)
·         Menyelaras program-program di bawah Pekeliling Kemajuan Pentadbiran Awam 
       (PKPA)  seperti

      o    Kajian Kepuasan Pelanggan
      o    Piagam Pelanggan
      o    Aduan Pelanggan
      o    Anugerah Inovasi dan Kualiti

·         Pengurusan Audit Nilai